Se sitúa a unos 100 km al sur de la ciudad de Piura, y a unos 60 km de la ciudad de Sechura capital de la provincia del mismo nombre, en la costa norte de la península de Illescas. Bayóvar es también el puerto de embarque de los fosfatos extraídos del desierto de Sechura, al este del macizo Illescas, en una depresión natural que se encuentra a unos 20 m debajo del nivel medio del mar.