Se sabe que es anterior a la expansión de los incas o los Huari. En los años 500 d.c fue el centro mas grande de toda la sierra norteña. La piedra natural fue ligeramente labrada y cuidadosamente montada y acuñada en los muros con pachillas chicas que llenan los intersticios entre las piedras grandes. Marcahuamachuco fue abandonada con la dominación incaica (aprox. 1470 d.c). Los incas fundan un nuevo centro provincial, en el mismo lugar que ocupa Huamachuco moderno.