El parque cuenta con una gran diversidad de especies animales; más de 800 especies de aves como el águila arpía, el jabiru, el ganso selvático, el gallito de las rocas y el espátula rosada; 200 especies de mamíferos como el mono choro común, el maquisapa negro, el lobo de río, el jaguar, el tigrillo, el oso de anteojos y la taruca; y más de 100 especies de murciélagos.